第二日天亮后，童贯下令“封刀”，重新整饬军队，准备继续追击方腊残部。
由于昨晚有齐州军的干扰，这杭州城倒有三四成左右的地方，没有遭受洗劫，徐宁当即领兵北返，并写书一封，上奏朝廷，严词谴责童贯纵兵洗劫杭州城的行为。
从此，江南皆传童贯恶名，又都歌颂齐州军的义举，连垂髫小儿都有歌谣传唱两者对比鲜明的行为。
但不管恶名如何，童贯军经过那一晚在杭州的劫掠后，士气确实是变得高涨起来，而方腊丢失了杭州这个最大的依仗后，不过是苟延残喘罢了。
在徐宁、朱武领兵返回山东时，童贯继续挥兵四出，很快又接连收复了宣州和歙州的大部分城县。
那吕师囊依旧占有歙州的歙县抵抗着，但那里却非丹徒这等兵家必争之地，童贯也懒得与他纠缠，只留下一支兵马在城外看着，便继续统率大军杀进了方腊的老家睦州。
到了十月份的时候，睦州最后一座城池清溪城也被童贯的军队攻下，方腊继续带着残部，仓皇逃往北边的帮源洞。
这帮源洞一带，号称千洞万窟，连绵四十余里，地形极其复杂，向来是个藏人的好去处。
当年方腊因四处宣扬自己有天子福气时，被官府通缉，便曾在这里躲了相当长的一段时间，也同样是在这里结识到了摩尼教。
所以，这帮源洞可以说是方腊的起兴之地。
方腊此时仍在这连绵四十余里的帮源洞藏了数万人，而且搬了许多粮秣在里头，官兵连进都不知从那里进，就更不用说搜寻方腊的踪迹了。
若是这么慢慢的找寻下去，只怕大雪落下时都没有进展，可惜的是，方腊阵营里却有人贪生怕死的前来告密，领着童贯找着了方腊的藏身之处，双方最后血拼了一场后，方腊最终兵败自杀，军师包道乙、三大王方貌等人被生擒，只有方七佛与大将石宝护着太子方天定杀出了重围去，不知所踪。
方腊从去年五月分起兵造反，占据了杭州、苏州等江南富庶之地，震惊朝野上下，动用了十万平叛大军。
一开始的时候，许多人都以为只要童贯的大军一到江南，最多不出半年，方腊这草寇便会被覆灭，谁知到最后完全平定时这场叛乱时，却已是来年的九月末，总共历时一年又四个多月，平叛用时之久，叛乱影响之深远，完全出乎了大部分人的意料之外。
当初方腊刚起兵造反的时候，东京朝廷仍能掌控天下大部分的州府，但现在，山东、河北、河东、巴蜀、淮西等地皆已是要么为贼子所占，要么就是些听调不听宣的节度使，朝廷完全失去了掌控之力。
幸好江南赋税重地，总算是被收复了！如此一来，朝廷仍能牢牢掌控江南、淮南、岭南、中原和关中，实力依旧是不容小觑，待童贯班师回朝后，休整过后，说不定能有机会逐一平定四方，实现中兴的气象……