小笠原长时也只好在匆忙之中将自己麾下的五千军势全部集中起来，并且要求小坂直春、花冈昌直、有贺泰时、藤泽赖亲、高远赖继等人出兵参阵，同时在盐尻岭和胜弦岭一带紧急布置防御。
可武田晴信可不会给小笠原长时布置防御的机会，趁着小笠原长时立足未稳之际，当即令，武田信繁、饭富虎昌、室住虎登、甘利虎忠（甘利虎泰之弟）等将率军对小笠原长时部发起了突袭。
小笠原长时在遭到武田军突袭后措不及防，麾下才被寝反不久的小坂直春、花冈昌直、有贺泰时、藤泽赖亲、高远赖继等人更是闻风丧胆，纷纷作鸟兽散，各自率军立即脱离了小笠原军逃回了自己的本据。
结果，成了孤家寡人的小笠原长时没能组织起有效的抵抗，导致小笠原军在进退失据后全线崩溃，被武田军讨取的人数达到了一千多人，伏尸数里。先前小笠原军在上伊那郡、诹访郡等地所掠夺的金银、粮草辎重也全部被武田军夺回。
小笠原长时之后更是落荒而逃，头也不回地往自己的本据林城方向不停地逃去，同时还向葛尾城的村上义清发出求援。
随着武田晴信在盐尻岭之战大胜小笠原长时之后，小坂直春、花冈昌直、有贺泰时、藤泽赖亲、高远赖继等原先被小笠原长时寝反的国人领主、地头武士们纷纷向武田晴信投降。而武田晴信为了快速稳定诹访郡和上伊那郡的局势，决定先赦免他们。
因为，武田晴信打算趁着大胜小笠原长时之际攻入筑摩郡，尽可能的消灭其有生力量，使得小笠原家无法与武田家继续为敌。
武田晴信在稳住诹访郡、上伊那郡的阵脚之后，便着手展开对小笠原家的全面进攻。
武田晴信为了使小笠原长时陷入孤立无援的境地，便让重臣驹井高白斋（驹井政武）负责调略小笠原长时的岳父仁科道外（仁科盛能），想方设法剪除小笠原长时的左膀右臂，以此来削弱小笠原家的实力。
六月五日，当仁科道外出仕武田家之后，武田晴信便对小笠原领发起了全面的侵攻。在武田军的猛攻之下，西条城、上野山城、熊井城、妙义山城、洗马城、高山城、武居城、赤木城等十余座东筑摩郡城池兵砦全部被武田军所攻落。
小笠原长时虽然在盐尻岭之战惨败，但是还并没有到元气大伤、一蹶不振的地步。在武田军对小笠原领发起全面侵攻之后，小笠原长时自知不能与之进行正面抗衡，故而选择了在自己本据林城南部的支城村井城附近借着地势来抵抗气势汹汹袭来的武田军。
<b/> 作为武田军先阵的岩崎胜秀（一门亲族众）、栗原正清（一门亲族众、谱代家臣格）、今井虎意（一门亲族众）等人以为己方军势强大，而小笠原长时则是接连战败，丢城失地，如同丧家之犬一般，攻克村井城必定能如同不久前盐尻岭之战那样能一战而定，因此非常轻敌。他们在行军的途中甚至连物见（负责侦查）也没派出，队伍都有些散乱无序。
固守在村井城的小笠原长时见状大喜万分，果断抓住战机，当即率军从城内杀出，向武田军的先阵发起了猛攻。
岩崎胜秀、栗原正清、今井虎意等人才率军至村井城附近，见小笠原长时率军冲城内杀出后惊惧不已，急忙下令整队迎敌。但是武田军还没完全收拢，小笠原长时已经借着地势快速率军攻至武田军的面前了。
小笠原长时在战斗中身先士卒，率麾下马廻众猛攻武田军先阵军势，而武田军的岩崎胜秀、栗原正清、今井虎意等部则是乱成一团，进退失据。小笠原长时麾下的猛将草间肥前守和泉石见守二人更是先后讨取了武田家的有力武将岩崎胜秀和栗原正清二人，今井虎意则是在乱军之中阵亡。
在讨取了武田军三百余人之后，小笠原长时顺利将武田军的先阵击溃，算是在屡战屡败之后稍微挽回了一些颜面。