吉尔露太是一个疯狂的收藏家，热衷于收藏各种稀少的精灵，甚至幻想着收藏“海之神”——洛基亚。
为了满足自己的收藏欲望，吉尔露太计划将三圣鸟全部抓捕，从而引出洛奇亚。
吉尔露太拥有一个庞大的飞行宫殿，装备有人工智能的操作系统，和能够抓捕传说精灵的高科技武器。
吉尔露太利用飞行宫殿上的高科技武器，成功捕捉到了火焰鸟。
全世界范围内的天气异变，正是因此而起。
然而，他却还不满足，打算继续抓捕闪电鸟。
在抓捕闪电鸟的过程中，意外连同附近的小智一行人以及火箭队三人组，一起抓走。
沉浸于自己世界的吉尔露太，对于这些“意外来客”不以为意，反而让他们自由活动，尽情参观自己的“收藏品”。
让吉尔露太没想到的是，正是因为这些“意外来客”，让他的计划出现了变故……
——
由于天气异变，正朝榴柑岛赶去的小智一行人，在海上遭遇了风暴，误打误撞，流落到了一座名为亚西亚岛的岛屿。
在当地的庆典活动中，小智被庆典圣女芙芦拉，推举成传说中的“指挥者”。
通过芙芦拉，小智一行人得知了解决天气异变的方法。
那就是从三圣鸟栖息的三座岛屿中，得到各自的宝珠。
将三种宝珠带到祭坛，由芙芦拉奏响音乐，即可将事件平息。
小智一行人在获得火焰鸟的宝珠后，来到了雷之岛，被正在抓捕雷电鸟的吉尔露太，一同抓走。
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小枫乘坐着化石翼龙，以极快的速度赶往亚西亚岛。
在途中，小枫发现了许多野生的精灵，都在朝亚西亚岛的方向移动
海面上随处可见的水系精灵，空中更是有密密麻麻的飞行系精灵。
剩下不能渡海和飞行的精灵，则聚在离亚西亚西附近的陆地上，远远眺望着某个方向，彷佛在祈祷些什么。
“连野生精灵都想去拯救世界，我也不能落后呀……”
小枫看着周围的飞行系精灵，不禁感慨道。
“加油呀，化石翼龙，我们马上就要到了！”
化石翼龙扇动翅膀，爆发出更快的速度，从这些飞行系精灵的身边掠过，朝目的地赶去。
随着时间的推移，小枫距离亚西亚岛越来越近……
——
小智一行人在飞行宫殿中，趁着吉尔露太不备，联合火箭队三人组，成功解救出了关押的火焰鸟和闪电鸟。
本以为天气异变会因此而平息，没想到火焰鸟和闪电鸟被解救出来后，异常的愤怒，反而与突然出现的急冻鸟打了起来。
三圣鸟的攻击，把飞艇直接击沉，被迫降落在雷之岛。
在雷之岛上，小智成功找到了闪电鸟的宝珠，并通过一股神秘的水流，与其他人回到了亚西亚岛。
在亚西亚岛的附近，三只传说精灵展开了激烈的火拼，场面极其混乱，甚至波及到了小智一行人。
眼见，三圣鸟的攻击就要命中小智。
一道巨大的水柱，破开冰层，冲天而起，将三圣鸟的攻击挡下。
从巨大水柱中，露出了一只银白色，体型巨大的精灵。
这只银白色的精灵，正是海之神——洛奇亚。
“海之神，洛奇亚，我一定要收藏你！”
吉尔露太拿起望远镜，眺望远方，仔细欣赏着洛奇亚的身姿，眼里充斥着兴奋与狂热，忍不住开口说道。
“摩鲁蛾，使用催眠粉！”
一股粉末飘洒在了吉尔露太的身上，打断了他的幻想，让其直接昏睡过去。
“所有的事情，都是你这个家伙搞出来的吧？”
看着眼前呼呼大睡的幕后黑手，小枫恨不得给他几拳。
要不是这家伙，小枫也不会为了自保，冒着生命危险来到亚西亚岛。
毕竟，解决恐惧的最好方法，就是面对恐惧。
至于，小枫为什么会出现在这里？
小枫刚靠近亚西亚岛，就看到了吉尔露太的飞行宫殿，从天空坠落，掉到了一座岛上。
试问，谁看到一个不明飞行物坠落，不会想去看一下呢？
正好，小枫刚靠近飞行物的残骸，就听到吉尔露太在说“要抓洛奇亚”。
撞个正着的小枫，那里会不知道，眼前的这个人，就是天气异变的罪魁祸首。
于是，就有了现在的一幕……
小枫似乎是觉得还不保险，从空间背包里，拿出了一根很粗的绳子，将吉尔露太绑在了一大石头上，打算事情结束，再对他进行处理。
解决吉尔露太后，小枫这才放心下心来。
用波导锁定了小智一行人的方位后，趁着三圣鸟与洛奇亚大战，小枫迅速朝其靠近……
现身后的洛奇亚，立即与三圣鸟展开了激烈的战斗，试图制止愤怒的三圣鸟。
面对洛奇亚的威胁，三圣鸟放下斗争，进行“合作”，一同对洛奇亚发动了攻击。
在与三圣鸟交手了几个回合之后，洛奇亚寡不敌众，被三圣鸟的攻击同时命中，掉入了海里。
在将洛奇亚打退后，三圣鸟立即结束了短暂的合作，继续展开混战。
在混战之中，某只圣鸟发射出来的攻击被躲过，阴差阳错的，再次打向小智一行人。
还没从洛基亚被打回海里的场景中，缓过神来的小智一行人，根本来不及躲闪。
面对这道突如其来的攻击，小智愣在原地，下意识地把眼睛闭上，眼前一片漆黑。
千钧一发之际，一道熟悉的声音，在小智的耳边响起。
“摩鲁蛾，快使用守住。”
一道透明色的护罩，出现在小智一行人的身前，拦下了这道攻击。
“这是……”
小智睁开眼睛，发现自己安然无恙，嘴巴微微张开，显得十分惊讶。
“你们愣着干嘛，还不赶紧找个地方躲起来，留在那里挨打吗？”
见小智一行人还愣着不动，匆忙赶来的小枫，气不打一处来，赶紧大喊道。
真以为三圣鸟的攻击那么好接，没看到自己的摩鲁蛾已经在喘气了吗？
“小枫……哦，大家快离开这里！”
小智如梦方醒，顾不得小枫为什么会出现在这里，连忙喊上身边的同伴，迅速撤离。
“此地不宜久留，摩鲁蛾，我们也快走吧！”
见小智一行人已经撤退，小枫对摩鲁蛾说道。
小枫带着摩鲁蛾，跟上小智一行人的步伐，离开了三圣鸟的交战中心。
——
“小枫，你不是在挑战橘子联盟吗，怎么会在这里？”
抵达相对安全的地方后，小智迫不及待地对小枫问道。
此时的三圣鸟还在远处大战，无暇顾及这里，小枫倒也不介意和小智叙叙旧，顺便了解一下剧情。
“好久不见呀，小智，橘子联盟我已经挑战成功了……”
“什么，这么快？我才刚获得第三枚徽章耶。
还不等小枫把话说完，就被小智打断。
“小枫，那个首席训练家强不强呀？”
听到小枫已经挑战成功，小智有些好奇道。
“额，挺强的……”
“我迟早也会打败那个首席训练家的……对了，这是小建和芙芦拉，他们……”