沈卿歌
本经·序录》中即言：“上药一百二十种为君，主养命以应天，无毒，久服不伤人，”如人参、甘草、地黄、黄连、大枣等；“中药一百二十种为臣，主养性以应人，无毒有毒，斟酌其宜。”，需判别药性来使用，如百合、当归、龙眼、麻黄、白芷、黄芩等；“下药一百二十五种为佐使，主治病以应地，多毒，不可久服。”，如大黄、乌头、甘遂、巴豆等。
《神农本草经》中也蕴含着丰富而深刻的药物理论，由此奠定了药物学的理论构架。此部分内容主要见于序录部分，相当于全书总论，虽然文字并不长，只有十三条，但已经涵盖了药物学的各个方面。
以药物配伍为例，《神农本草经》中提出了君臣佐使的组方原则。所谓君臣佐使，本为社会中的不同阶层成员，有不同的职能与等级，药物学将其借用来说明药物在配伍中的不同角色，如上品药为君药，中品药为臣药，而下品药为佐使药。在组方时，应该充分考虑药物的特性，方中既要有君药、臣药，还要有起协助作用的佐使之药。其比例可按照一君、二臣、三佐、五使或一君、三臣、九佐使的原则来处理。
在药物配伍中，两味或两味以上的药物用在一个方剂中，相互之间会产生不同的反应：有的药物共同使用能发挥更大的功效，有的两药相遇一方会减小另一方的药性；有的药可以制约另一种药物的毒性；有的两种药品本身均无毒，但如果两药相遇则会产生很大的毒性，不能同用等。《神农本草经》中共总结了七种关系，包括单行、相须、相使、相畏、相恶、相反、相杀等，认为对此“七情”要“合和视之”，这便是“七情和合”的配伍原则。
《神农本草经》中对于所收录的各种药物的功效和主治疾病都进行了简要的记载与描述，这无疑是早期临床药学宝贵经验的总结。长期临床实践和现代研究都证明《神农本草经》中对于所载药物的功效认识大部分是正确的，其中许多药物至今仍然在临床广泛应用，比如人参补益、黄连止痢、麻黄定喘、常山截疟、大黄泻下等。而且各种药物主治疾病的种类也非常广泛，约有170余种，包括了内、外、妇、儿、五官等科疾病。此外，《神农本草经》中对于药物的性味、产地与采制、炮制方法，乃至用药原则和服药方法等都有涉及，极大地丰富了药物学的知识体系。
神农本草经》的历史地位不可低估，它将东汉以前零散的药学知识进行了系统总结，其中包含了许多具有科学价值的内容，被历代医家所珍视。而且其作为药物学著作的编撰体例也被长期沿用，作为中国第一部药物学专著，影响是极为深远的。《本经》首次提出了“君臣佐使”的方剂理论，一直被后世方剂学所沿用，有序例（或序录）自成一卷，是全书的总论，归纳了13条药学理论。
《本经》的问世，对中国药学的发展影响很大。历史上具有代表性的几部《本草》，如《本草经集注》《新修本草》《证类本草》《本草纲目》等，都渊源于《本经》而发展起来的。药物之间的相互关系也是药学一大关键，《本经》提出的“七情和合”原则在几千年的用药实践中发挥了巨大作用。
病（如“痈肿疮疡”、“风湿症”）与内脏病（如“鬼疰蛊毒”）的差异而用药。前者用“疮药”、“风湿药”，后者用“毒药”。若通览书中365味药物的功效和主治，还可以发现，书中根据内科疾病、妇科疾病、外科疾病、五官科疾病、皮肤病等等不同病种而施以不同药物予以治疗，这些内容都充分体现了辨证施治的用药思想。
重视服药时间与疗效的关系
《内经》首先提出了“药有阴阳”理论，《本经》对这一理论予以践行。所谓“药有阴阳”，其含义甚广。若仅从植物药与矿物药分阴阳，矿物药质地沉重而主降，属性为阴，植物药质地轻清而属阳。若就植物药而言，凡药用其花、其叶、其枝者多属阳，若用其根、其干者多为阴。如若对药物深层的内涵以阴阳分，则“阳为气，阴为味……阴味出下窍，阳气出上窍。味厚者为阴，薄为阴之阳。气厚者为阳，薄为阳之阴。味厚则泄，薄则通。气薄则发泄，厚则发热。”“气味辛甘发散为阳，酸苦涌泄为阴”，具体内容可详见于《素问·阴阳应象大论》。
药有酸、咸、甘、苦、辛五味
《本经·序例》所谓“药有酸、咸、甘、苦、辛五味”，其本义是指人们可以品尝到的药物真实滋味以及其对人体气血阴阳的作用。药物真实滋味不止五种，由于受事物五行属性归类理论的影响，于是自古至今，将药物之滋味统统纳之于五味之中，并将涩味附之于酸，淡味附之于甘，以合药物五味的五行属性归类。
药物“有寒热温凉四气”