11月31日，朱由校终于到达了福建。一下船，就看见福建省的大小文武官员在那里整整齐齐地站着，肯定是等候多时了。可是他左望右望就是没看见南、俞二人前来，向人打听才知道他们两个全部都已经去澎湖指挥作战了，颇有些‘将在外，君令有所不受’的架势。
在感叹于两人工作效率的同时，朱由校也不由得为自己在臣子心目中的形象表示担忧。
现在明荷澎湖之战的历史，在朱由校这只“小蝴蝶”的干扰下已经和原时空的历史大有不同。
在原历史中，这次明荷间的军事冲突从1622年一直持续到了1624年，但真正的激烈交战时间累积起来却只有八个月。这是因为澎湖岛的事情最初并没有引起明中央政府的重视。因此，自然没有上谕调兵，而是让地方政府自行处理。于是，福建地方政府决定以交涉、外交手段为主，战争为辅，希望尽可能的和平解决问题：这种情况一直持续到1624年年初。
在这期间，荷属东印度与明福建政府达成了“停火一年”、“荷方撤出澎湖”、“明方同意荷方在台湾本岛进行贸易”等初步协议。但因为荷兰的出尔反尔与其无端残害沿海中国渔民、海商的行为引发了明政府的愤怒，导致谈判破裂，战火复燃，这才开始了八个月的激战。
而朱由校可不是原先历史上的那个木匠皇帝，他可以自豪地说，除了木工行业以外自己绝对能够碾压历史上的那个前身。
朱由校一直以来就对海疆、西夷高度重视，不但在事件一开始就给了地方政府调兵权，而且将保守派的商周祚等人调任，换上了强硬派的那南居益等人，可导致相关的历史进程被大大的加速提前了。
“来人，朕要修书一封，送给南卿。”不知道朱由校龙飞凤舞的提笔之时，是否有想到自己的行为在对方眼中很可能完全就是‘常凯申队长空投手谕’呢。
而在距离大陆100多公里的地方，澎湖列岛上，战火仍在继续着。
澎湖地区虽然不大，但也着实不小，共辖澎湖本岛、牛母件屿、白沙岛、金屿、吉贝屿等64个岛屿，面积约127平方千米。本岛与白沙岛、西屿岛呈环状连接，十分适合船舶停靠，一旦在四周修建炮台与堡垒，更是易守难攻，但是毕竟全是岛屿，用水的补充就不方便，而这个问题也是明军围困方计中可以突破的重点。
可以说，彭湖的地理位置是极其重要的，因为它是连接大陆与台湾的桥梁，也是进攻的跳板。澎湖有失，则台湾不保；而相反，一旦澎湖在手，则台湾无险可守。
只要占领台湾，就可以建立对中国、日本及东南亚地区的海上交通线，并且控制中国东南沿海的各个口岸与整个琉球；更可以辐射日本九州、四国地区与吕宋群岛。
所以澎湖必须掌握在中国手里，这是朱由校在信中向南居易等人不断重复和强调的。