而且被击退的荷兰军队并没有彻底的退出中国的领海，而是退守在了澎湖列岛上，目前已经修建了四个堡垒和数座炮台。目前，明军还未彻底将其驱逐。
两人担心这就是皇帝找自己的原因，然后兴师问罪，当然，事实并非如此。朱由校找他们的原因可不仅仅是这个，这也更算不上是主要原因。
大明与荷兰之间的恩怨可以说是由来已久的了：万历卅一年（1603年），荷兰殖民者就派军舰侵入过澎湖列岛，但被明军击败；万历三十七年（1609年），荷兰又侵入澎湖连横，但为总兵俞咨皋所驱逐；“万历末，外夷复入北港（台湾）”，并开始与中国本土海盗势力相互勾结。
而现在“天启二年，出据澎湖，筑城守之；又泊船风匮仔尾，出没浯屿、东淀间；海寇李旦复助之，海滨戒严”
荷兰殖民者占据澎湖后，一面不断要胁与福建互市（通商贸易）；一面又勾结海盗，骚扰厦门、海澄一带。大明政府必须作出有效、且强硬的回应。
其实，大明与西方殖民者的关系倒也不完全都是负面的，大明与西班牙甚至有过短暂的军事合作。
自从无敌舰队覆灭之后，西班牙的国力成下降趋势，在亚洲方面再也无力入侵大明，转而以巩固已有的殖民地为主，并向马来群岛不断推进。因为没有利益冲突，大明与西班牙的关系也从敌对恢复了正常。
（西班牙的5000人计划完全就是一个千古笑柄，不能当真的东西；不过西班牙确实有计划过成建制的侵略中国，打算本土派兵12000，并且招募日本、东南亚和中国本土的海盗做雇佣兵。但是计划还没实施呢，1588年它的无敌舰队就没了，计划被搁置了。1592年，万历援朝战争爆发，让西班牙看到了明朝的真正实力，于是这个狂妄的计划被正式取消了。）
万历年间，中国海盗林凤被明总兵胡守仁击溃，为躲避明军追击而不断转进，从大陆到澎湖到台湾魍港，最后干脆逃出中国（大明），南奔菲律宾，并且战胜了当地的西班牙殖民政府，一度占领首府马尼拉。其后西班牙殖民政府向明朝求援，最终福建巡抚刘尧诲、广东提督殷正茂与西班牙殖民部队组成联军，将其击溃。林凤狼狈逃窜，不知所踪。
自此之后，大明与佛郎机（西班牙）的关系日渐友好，商贸往来也逐渐放宽。两国的友好关系也一直保持到了现在。
不过这样的友好关系，对于大明与荷兰之间却不实用；从现实利益的角度来看，大明与西班牙已经没有了直接的利益冲突，但是与荷兰有；而从国际关系与情感的角度上来，大明与西班牙能算是半个朋友，而荷兰与西班牙就不那么友好了一一敌人的朋友，怎么可能是好人呢？(*｀へ′*)
一一准确的来说，荷西应该叫不共戴天，现在这两个国家目前处于战争状态。荷兰曾经是西班牙的领土，1581年发动义闹独立；经过多次海战后，尼德兰联邦（荷兰）与西班牙帝国于1609年签订12年的休战协定，不过，双方在海上竞争仍未停止。1621年，停战协定届满，两国再次大打出手。
在欧洲，体现为直接的战争冲突；而在亚洲，更多的则是殖民地的抢夺，而作为西班牙的亚洲“朋友”，大明被荷兰单方记恨上了。并且在现实利益的驱动下，荷兰对中国沿海虎视眈眈。
“两位爱卿，今日朕召你们来，是来议事的。现在朝廷所要讨论的问题，与福建有关，所以才找两位爱卿来咨询。而现在的议题是：移民与诏安。”