大约两个时辰的战斗之后南日岛附近的海面上基本恢复了平静。只有无数的木板和鲜红的海水证明着之前战斗的激烈。
毛钰并没有着急进攻南日岛而是让杨七、李守信和曾立刚三面将南日岛围起来，不允许再有人离开。南日岛很大，想彻底围困这样一个岛屿非常难。好在岛上的大部分船只今日都参战了，不是被俘虏就是被击沉，真正能够顺利回到南日岛的少之又少。他们围困南日岛只需要防备有船只离开即可。
东面则让所有的福船留下在海面上打捞落水的同伴和海盗。十八艘西班牙战舰则在南日岛的最大港口面前一字排开。两侧的火炮舱口打开露出火炮。然而尽管南日岛海盗海战失败在前，面对单侧就多达两百八十多大小火炮的威胁，南日岛水寨并没有和他们在船上那样见势不妙就选择投降和溃逃。
一直默不作声在毛钰身旁观战的王乐年生怕自己这位东家一生气又和当日在邳山岛那样将大当家的房子直接轰平。他着急地看了看南日岛防线对毛钰说道：“东家，如今南日岛大部分船只都被我们俘获，三面都派人盯住了，留在岛上的战力十分有限，就不要浪费炮弹了，不如徐徐图之。南日岛的大当家也被我们俘虏了，剩下的多是家眷最好是能够劝降。”
从戈麦斯战舰上回来的孔有德不干了。今日他见识了尚可喜和达代应两人带着各自的纵队如入无人之境一样在海盗船只中冲撞、切割就别提多羡慕了。就连与海盗近身搏斗，他也输给了毛永杰。毛永杰带领的可是八艘福船。他奉命带领着700人加强到戈麦斯的战舰上。但这些葡萄牙人的操炮技术真是炉火纯青，十八磅火炮和九磅火炮组成的交叉火力网基本没他们这些战兵什么用武之地。后来的追击也是用火炮吓唬人。要么就是利用战舰高大的船体直接撞击那些小海盗船。
好不容有陆地上的攻坚战，孔有德当然不能放过。他瞥了一眼王乐年说道：“王秀才，总听少爷说爱屋及乌，你这莫不是因为你家娘子和女儿就要保护整个南日岛的人不成？别忘了他们可是海盗大部分死有余辜的。”
王乐年将头扭到一边，铁青着脸不说话也不搭理孔有德。这厮说的轻巧，按照东家那脾气，几百门火炮来几次齐射，难免有误伤的。
毛钰想了想，说道：“先吃饭吧，吃好饭半个时辰后攻上去。孔有德、毛友俊、毛永杰你们三人各带千人轮流攻击。不求速胜，一定要保护好手下兄弟。”
三人一听顿时喜笑颜开，三人和耿仲明一样晚来，但是耿仲明日常是负责舟山岛的巡逻和守卫。今日虽然没能带领一个纵队却是单独的一位战舰舰长。他们这几个负责组建海军陆战队的人这样的场合再没机会表现今后就落后太多了。
如今毛钰让他们登录作战，自然一个个摩拳擦掌。
趁着这个空档，各个纵队和支队都将战斗结果也陆续汇报上来。这场海战可以说是喜忧参半。
损失最大的是戈麦斯纵队的头船。他们的战舰上没有撞角，又被诸彩佬带着大船拦截，因此船体损伤很大。若果不是孔有德等人在战舰上，战兵的损失肯定也不小。连同孔有德的700战兵在内，一共有将近一百多人受了各种轻重伤。仰仗着高大的船身和坚固的大盾战死二十一人。
人员伤亡最大的自然是八艘福船，他们在开战之初跟着其他三个纵队穿插，其他三个纵队依靠火炮远程杀伤，他们则速度上处于劣势，容易被人包围，所以从头到尾都是战斗最激烈的地方。每一艘福船配置了一百二十人。整个纵队在战斗中战死七十八人。重伤五十七，轻伤两百多。兴奋之余毛永杰也认识到了海战的残酷，他们原本以为跟着毛文龙来舟山的都是家丁，又经过毛钰的残酷训练，一个个都是杠杆的。但海战终归还不是陆地上很难单纯凭借个人勇武和犀利武器取得压倒性优势。尤其是福船这种宽大的船体很容易被速度更快的海沧船和苍山船阻挡。
表现最抢眼的自然还是尚可喜和达代应纵队。他们跟着马玉两年多在东南沿海跟诸彩佬和刘香等打过大大小小的好几场海战。尤其是当日十七艘船被刘香率领南澳岛主力拦截对船队所有人的经验都是有比较大的加成。所以无论是切割穿插还是面对地船的唯独他们表现得都十分从容。
由于战舰加装了撞角，战舰配备的大盾比较多，仰仗火力穿插速度较快基本没有与敌人纠缠。尚可喜和达代应两个纵队几乎没有出现死亡，重伤的也很少，两个纵队轻伤八十五人。当然还有毛永杰纵队和戈麦斯纵队为他们吸引火力的缘故。
李守信大陈岛的海沧船参与了正面挤压，小船参与了堵截，伤亡也不小。不过大部分伤员出现在最后海盗溃逃的时候，由于船只小加上没有海战经验，轻伤的比较多。三十艘大小船只参战，三艘小船被海盗撞沉，七艘海沧船被海盗火炮或者火箭伤到船帆。一千五百多人出战，战死六十一人，受伤一百二十五人。
曾立刚的邳山岛十六艘大小船只参战，被人撞沉三艘。八百人参战轻伤一百二十三人，落水失踪十五人。
另外一个损失比较大的是杨七的队伍，他们洞头岛十三艘船参战，三艘海沧船船帆被回话。九百人参战，战死和落水失踪一共一百二十人，轻重伤员两百多。这也看出了洞头岛与舟山乃至与大陈岛和邳山岛的差距，除了装备上，训练的差距是主要的。这也是海盗的真正水平体现，在洞头岛和南日岛一对一的乱战中损失基本上一样的。
聪明的威尼斯城邦共和国索菲亚侯爵的四艘武装商船参战只有不到二十人受了轻伤。这和他们几万里的航海经验密不可分。
沿途有各种海盗和敌对势力的围追堵截，能够顺利穿越南洋，在西班牙人、荷兰人等的眼皮底下顺利抵达舟山绝对不是单纯的靠运气就能做到的。