秦始皇赢天害怕得来的长生不老药乃是假的，想要再得到一个，用另一个试药。
于是乎秦始皇又使燕人卢生求羡门、高誓等仙人踪迹，后来又使韩佟、侯公、石生求仙人不死之药。
对于秦始皇这种行为，也有儒生表示劝谏的，博士齐人淳于越建议始皇仍实行分封宗室子弟为诸侯的政策，始皇交给臣下讨论。丞相李斯反对。李斯的奏议促成了秦始皇帝下令焚书禁书, 规定史书非秦纪皆烧之；非博士官所职，天下敢有藏《诗》、《书》、百家《论》者，悉诣守、尉杂烧之；有敢偶语《诗》、《书》者，弃市；以古非今者，族。吏见知不举者与同罪。令下三十日不烧，黥为城旦。准保存者，医药卜筮种树之书。若愿学法令, 则以吏为师。
始皇心里已感到受骗，于是命令御史案问诸生, 互相揭发牵连四百六十余人，始皇下令把他们都在咸阳活埋。秦始皇坑杀的乃是术士，并不是儒生。
秦始皇完成了统一中原的大业之后，经过一系列的准备，始皇帝二十九年（前218年），秦始皇命大将屠睢率50万大军，发动了南征百越的战争，这场战争是秦朝诸战中最艰难激烈一仗。
秦军共分五路，一路攻取东瓯和闽越，两路攻南越，其余两路攻西瓯。
《淮南子·人间训》记载了秦始皇南征百越的艰难历程：“使尉屠睢发卒五十万为五军……三年不解甲驰弩，使监禄无以转饷；又以卒凿渠而通粮道，以与越人战，杀西呕君译吁宋；而越人皆入丛薄中与禽兽处，莫肯为秦虏，相置桀骏以为将，而夜攻秦人，大破之, 杀尉屠雎，伏尸流血数十万，乃发适戍以备之。”
秦军兵分五路，经广西北部的越城岭、湖南南部的九嶷山以及江西南康和余干等地，向两广地区的越族进军。战争前后相持达三年之久。
始皇帝三十三年（前214年），秦始皇命任嚣和赵佗再次进攻百越各部族。
秦军势如破竹，该战使整个岭南地区从此划入了秦朝的版图。
史籍称先秦时期岭南是烟瘴南蛮之地，刀耕火种的氏族社会，至秦军南下带来先进技术始融入文明。
秦军南下带来了北方中原农耕技术与先进文化，使岭南地区迅速从刀耕火种时代平稳进入农耕文明时代。秦攻百越战争是秦始皇统一战争的重要组成部分，它对促进中原与百越的融合及百越社会政治、经济和文化的发展都起着不可忽视的作用。
战国时期中原各国忙于征战，无暇北顾，匈奴经常袭掠与其接壤的秦、赵、燕三国北部边地。为解除匈奴对秦的威胁，秦始皇命蒙恬率30万大军北击匈奴。
始皇帝三十三年（前214年）春，蒙恬统主力军从上郡北出长城攻其东；杨翁子率偏师由肖关出长城攻其西。匈奴败逃。秦遂取河南地）。
沿河置44县，移民垦守。因匈奴不断来攻，次年秋, 秦始皇复命蒙恬军又北渡黄河, 取高阙, 攻占阳山（狼山、阴山）、北假。
匈奴不敌，向北迁徙。
为巩固河南地区，秦置九原郡。
这场反击战，解除了匈奴贵族的侵扰与破坏，“悉收河南地”，使今河套内外，大河南北的广大地区，在一个相当长的时间内摆脱了兵祸的灾难。
北伐匈奴的同时，朝廷又徙去大批刑徒，“实之初县”。
始皇帝三十五年（前212年），进一步增加了徙边的人数。除谪徙刑徒外，还鼓励一般民众移居边地。如始皇帝三十六年（前211年），一次就从内地徙民三万家至北河、榆中定居，凡是去了的，均“拜爵一级”。这些迁去的民众与刑徒，一面屯垦，一面戍边，对于开发北方边地，充实武备，发挥了重要作用。
秦始皇为开拓西南，由于西南各族人民和内地有着长期的交往，决定打通西南。派常頞通西南夷。
常頞以其交通受阻，乃发众开凿了一条从今四川宜宾通往云南滇池一带的栈道，因“其处险阨”，“道广才五尺”，故名五尺道。
栈道开通后，大秦的势力直接抵达且兰、夜郎、邛都、昆明等地，并在这里设官“置吏”，建立了行政机构。
与此同时，秦又经蜀郡，加强了与邛都、筰、冉者的联系，并使之纳入了郡县制的行政系统。
从此，西南少数民族地区不仅密切了与内地的关系，而且成为了统一多民族国家的一部分。
此外，秦始皇还开了通往西南的五尺道，大致自今四川宜宾至云南曲靖一线，控制了当地的部族国家，将政治势力伸入了云贵高原。
秦灭六国之后，即开始北筑长城。
当时中原刚统一，各地原来的贵族势力还很强，若不保持中央各地之间的交通和联系，国家随时会处于再次分裂的局面，所以必须尽快改善中央到各地及其他各郡、县之间的交通和联系，因此须尽快建设道路。
由于多年的战争，原各国的农业设施受到相当大的破坏，或因战争而年久失修；在统一后必须尽快恢复农业生产；因此花相当大的人力来疏通河道，修复水渠，对水路交通和农业灌溉都有利，是很有必要的。
修建长城，是为了保护北部边境人民的生命财产的安全，其目的也是为了减少人民的负担；由于匈奴是游牧民族，其骑兵活动范围很大，没有长城的话，要很多军队来防守，这会给人民增加很大的负担。
万里长城不是他开创的，他只是把原来秦国，赵国和燕国北边原有的长城连接起来。
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战国时期，各国的度量衡制度很不一致。秦始皇以原秦国的度、量、衡为单位标准，淘汰与此不合的制度。秦廷在原商鞅颁布的标准器上再加刻诏书铭文，或另行制作相同的标准器刻上铭文，发到全国。
与标准器不同的度、量、衡一律禁止使用。在田制上，秦王朝规定6步（约合今23.1厘米[152]）为尺，240步为一亩。
这一亩制以后沿用千年而不变。
秦统一后，规定货币分金和铜两种：黄金称上币，以镒（秦制20两为镒）为单位；铜钱称下币，统一为圆形方孔，以半两为单位。金币主要供皇帝赏赐，铜币才是主要的流通媒介。
秦始皇采取了两种统一货币的主要途径：一是由国家统一铸币，严惩私人铸币，将货币的制造权掌握在国家手中。
二是统一通行两种货币，即上币黄金和下币铜钱。改黄金以“镒”为单位，一镒为二十两。
铜钱以“半两”为单位，并明确铸金币明“半两”二字。铜钱造型为圆形方孔，俗称“秦半两”。