靠着小黑灵敏的嗅觉追踪，以及山间小道留下的马蹄印，陈丽娘等人逃奔至干水磨一带时被赵教所率领的明军擒获。他们最终没能逃到朵甘思，用另一种方式去开启新的人生。
赵教命人快马加鞭地将消息传回四川承宣布政使司，布政使蔡思侃大喜过望，亲笔上书，派人八百里加急奏请当今皇帝朱祁钰。
朱祁钰收到蔡思侃的奏疏，特意在早朝对众大臣提出：“朕昨日收到四川承宣布政使蔡思侃的奏疏，得知龙州薛兆乾伏诛，其母及其家眷、同党共计二十二人被擒获，龙州薛氏叛乱得以平定，朕深感欣慰。对于薛兆乾其母及其家眷、同党，众卿家认为朕该如何处置，才能昭告天下臣民，以儆效尤呢？”
兵部尚书于谦上前一步，向朱祁钰谏言：“恭喜皇上，贺喜皇上，龙州平叛，实乃皇上的福泽恩赐。龙州薛氏犯上作乱，薛兆乾虽已伏诛，但其率家眷、同党犯下十恶不赦的谋反大罪，理应籍没家产，其母及其同党二十二人皆以同谋论斩。”
俞士悦作为刑部尚书，从刑罚的角度出发，接着说：“启禀皇上，若是为了警示后人，惩一儆百，进而推动改土归流政策顺利推行的话，微臣认为须当严厉惩处。叛臣贼子薛兆乾虽已伏诛，但就地掩埋其尸身未免太便宜他了，依照《大明律》，谋反之主谋应当用铁汁在其葬身之处铸成铁丘坟，取永世不得翻身之意，以示天下。同时，还须将其直系家眷除去皆以同盟论斩之外，余者全部贬为庶民百姓，流放贫困边远的深山之中。待此案完结之后，再请皇上下旨昭告天下，以正纲纪，让大明臣子们汲取教训，心生敬畏，不敢以身试法，从此一心一意效忠皇上，效忠大明。”
工部尚书江渊有不同意见：“皇上，龙州薛氏谋反一案，理应诛九族。但微臣斗胆请皇上仁爱，不要赶尽杀绝。薛兆乾毕竟是河东堂忠勇之后，还请皇上念在薛氏先祖曾力助太祖打下大明江山有功，请皇上恩泽薛氏一丝血脉存世，以免薛氏旁支他日恶意中伤皇上残暴不仁。”
内阁大臣商辂附议道：“回皇上，此番龙州薛兆乾谋反一案中，薛兆芝作为薛兆乾同父异母之弟，并未参与谋反，主动积极配合四川承宣布政使司追捕薛兆乾。可见薛兆芝心系朝廷，不愿与其兄薛兆乾同流合污。还请皇上明察秋毫，独留薛兆芝一条性命，保薛氏血脉得以延后，以示天下皇上深仁厚泽，赏罚分明。”
江渊和商辂此话一出，谁都听得出来他们多半与龙州薛氏土司有一定往来，但谁也没有站出来反驳。于谦不傻，皇帝朱祁钰也不傻，大家都懂有些事情只能见好就收，若是不断扩大化，极有可能收不了口子。到时候不再只是地方土司的问题，而是整个大明政坛的重新洗牌。
朱祁钰一脸严肃地说：“几位卿家都言之有理。刑一而正百，杀一而慎万，只有对大明不忠的罪人加以重处，才可使众臣子从中吸取教训，由此遵纪守法，行事慎重，大明社稷方可长治久安。至于龙州薛氏保留血脉一事，四川承宣布政使蔡思侃的奏疏朕已看过，确也提及薛兆芝主动积极配合追捕薛兆乾。姑且就先留薛兆芝一命吧，给龙州薛氏留一丝血脉。若是日后薛氏再有谋反之心，休怪朕没有给过机会。”
见朱祁钰愿意给龙州薛氏保留一丝血脉，江渊感激地说：“皇上仁爱，实乃大明之幸啊！”
朱祁钰端坐在龙椅上，威严地俯视着朝堂上的众大臣，抛出他想说的重点：“龙州宣抚使薛氏谋反一案，相信众爱卿已经看到土司制度对大明江山社稷的危害，这是在倒逼朕推行改土归流的新政啊！朕若是再不推行改土归流政策，及时废除积弊已久的土司制度，祖宗传下来的基业岂不是要被这些乱臣贼子毁于一旦？”
说罢，朱祁钰愤慨地一甩龙袍衣袖，吓得朝堂上的大臣们纷纷跪下，齐声呼喊：“皇上英明！吾皇万岁万岁万万岁！大明江山，万古基业，千秋万代！”
经过一番试探，见众臣们并无异议，朱祁钰对心腹大臣于谦下令：“推行改土归流事关大明根基，容不得半点差池。上次朝会朕说过，对于改土归流，朕打算先惩戒薛氏，以龙州试点，废除土司制，委派流官。逐步以点带面，扩散开来，在四川承宣布政使司乃至整个西南地区铺开，大力推行改土归流，强化对地方的实际控制，进一步加强朝廷的中央集权。此次改土归流的推行，就交由于少保牵头，按照朕的意思去办。”
“臣遵旨！”于谦接朱祁钰口谕。
作为改土归流政策的提出者，于谦早就有一整套方案，但涉及区划和人事等事由，还须得在朝会上听取皇上和众大臣的意见：“启禀皇上，既然皇上要在龙州试点，实行改土归流政策，微臣建议不如以此番龙州薛氏土司谋反为由，割成都之石泉、保宁之江油及青川千户所隶，创建府治，改设流官，置知府、同知、推官及照磨、司狱等官吏，改龙州宣抚司为龙安府。龙安府的得名，取‘薛氏土司叛乱已经平定，龙州从此安宁’之意。至于龙安府知府首任人选，臣举荐大理寺司直湖广监利人刘良寀，此人刚正不阿，不磷不缁，执法严明，实乃不二人选。至于原龙州几位土司，若是把他们废为庶人，必定会引发躁动。方才皇上已决定饶过薛兆芝，不如就由薛兆芝袭位薛氏土司，降为土知事。李氏直系血亲先前均被薛兆乾斩杀，就由旁支血亲李蕃的亲侄李胤实袭位，李氏、王氏土司俱袭土通判列衔。待龙州改土归流完成，由皇上下诏颁布新政，使得整个大明王朝从上而下，在整个西南地区先改土府，后改土州，逐步把那些下放到地方的权力收归回朝廷。如此一来，那些曾经称雄一方的地方土司制度就能彻底解体，改土归流的新政使诸土司既能效忠大明，又不会因势力坐大而再步龙州薛兆乾的后尘。”