辉虎公与武田氏共守户石城，未克，宪义公引兵而还。
有归还者带回将军遗诏，曰：吾之后，天下何人是内务对手？上杉者，本吾足利外戚也，今内务之妻，亦为吾之义妹也。
天下，有德者居之，吾愿吾义妹与内务之嫡长子可为源氏长者，愿内务善待吾子。
此诏被三管领秘密焚烧，然和田惟政与三渊藤英设计逃离京都，最终只有和田惟政到了越后，将此事告知辉虎公。
辉虎公又惊又怒，大呼一声之后，竟吐血昏厥。
辉虎公大病三日，随后与关白一起拜访宪义公，宪义公听闻此事，曰：此三贼也，吾必杀之！
十至十二月，大旱，作物有损。
弘治七年改永禄，是为永禄元年，武田氏当主晴信投降，削发出家为信玄，让位其资义信，领有甲斐半国。
信浓归于宪义公，宪义公让小笠原，村上重回信浓，同时，真田氏并未受罚，任久领有真田乡。
永禄二年，太田资正平定陆奥。
永禄三年，五月，宪义公正室平井殿诞下长子鹤千代。
七月，宪义公领兵十万西进上洛，其麾下兵强马壮，名将如云，所过之处，无一人是敌手。
三好氏与三管领，一向宗，根来众等联手，号称十五万兵马，与宪义公在关原对战。
此战，宪义公势如破竹，激战三个时辰，联军溃败，上杉军追亡逐北，伏尸数万，流血漂橹，此为关原大战。
宪义公入主京都，觐见天子，得天子之许，以及和田惟政保留的义辉公密函本件，宪义公长子鹤千代继承足利家名，称足利宪辉，重开幕政于江户。
永禄四年，畿内，四国平定。
永禄五年，山阴山阳两道平定。
永禄六年，朝廷大军入九州，九州诸大名降服。如此天下大定。
宪义公平定天下后，设立中央法于藩国法，组织内阁，挑选公卿中有才之人，同时也对武士有才之人进行选拔。
值此设立内阁管朝政，幕府管军务之格局。朝廷内又设文武堂，由朝廷内选出半数公卿，半数御家人进行立法，天子旁听，有一言否决之权，然，第二次提议超过七成，天子反对无效。世人称三权分立。
……
元龟八年，一月十八日，晚，时年八十五岁的太阁宪义公，在睡梦中溘然长逝，举国哀痛。
后任太阁为庶长子上杉宪平之孙上杉宪忠。