十二号醒来以后，在科尼堡垒待了很久，他一边在堡垒里用着简单的医疗器物疗伤，一边帮助堡垒里的幸存者寻找物资，重新修建城墙，抵抗外面那些变异者。
零零碎碎的记忆在脑子里不断闪烁，而当修复完所有伤痕之后，这个少年也终于想起了一切。
他是在爆炸中死亡的。
自爆，为了让重要的人能够成功离开。
而那个重要的人……
——十一号。
但是少年并不知道十一号在哪里，他的记忆停留在自爆死亡的时候，至于为什么会在沙漠中醒来，他却没有任何头绪。
听科尼堡垒的人说，大陆分成了东西两个地区，东部的领导者是实验室，十一号绝对不会在实验室，因此，也许她在西区。
所以少年去了西部十三区。
但西部的情景并没有他想象中那么好。
变异怪物肆虐，城市被毁。
那些被给予基因药的异能者，很多人都在拥有力量以后变得狂躁起来。
少年喝了一口，用大脑分析着它的成分。
药水中含有一种能够影响他们思维情绪的因子，所以他们忘记了“初心”，压迫起曾经想要保护的人，但也有克服了这种因子的人类，不仅获得了力量，同样坚守了初心。
于是少年带着他们建立起了新的基地，同位于西部第十四大区的幸存者们打出了一条生路，收回西部了大部分的城市。
西部的变异怪基本上都受着零六号的控制，朝着东部前进，十二号在沙漠中偶遇了驾驶机甲大军的时柳。
青年惊讶于少年的存在，但暂时来不及通知凌漆，便和他一起同其他异能者们一起驾驶机甲赶往了东部十五区。
博士曾经派去机械城的猎人们都被诺亚方舟的众多军队消灭，因此拿机械城的众人威胁景书是根本不可能的事情。
因此景书和凌漆演了一场戏，使博士稍微信任景书，转移视线，方便少年暗中在实验室大楼布置了传送装置。
至此，一切有关于实验室的痕迹终于消失在了尘世。