其实漫画中与动画中，都没有提到过千手一族消失的原因。
并且千手一族的消失，也不是一个骤然的过程，而是从千手扉间时代到猿飞日斩时代末这一个时间段内发生的事情
但是在TV原创剧情，卡卡西暗部篇571集《柱间细胞》的时候，曾经描述这样的剧情。
（虽说原创里很多地方都很扯，但是我认为这一段有一丢丢的道理。）
柱间当年用木遁压制了九尾，木叶也因此有了九尾的人柱力，但是柱间死后，木遁后继无人。
也就是说木叶村能压制尾兽的也只有了万花筒写轮眼仅仅这一种方法了。【记住是压制，而漩涡一族的方法是封印，】
木叶曾开始过一段时间倾全村之力的，对柱间细胞的研究，想让木叶再出现一个木遁忍者，但是无奈最后都失败死亡了，只剩下团藏和天藏大和这两个不被大家知晓的人。
于是，这个计划也只能宣告破产并被封印。
其实在漫画里（以及动画里）的剧情里我们可以看出，在三代火影即位之后，木叶村和宇智波一族的关系其实一直并不是十分融洽。
与二代火影仇视宇智波一族的做法有所不同的是，三代是一个容易被他人左右的老好人，而三代身边还有团藏以及水户门炎、转寝小春三个决策者，这三个决策者对宇智波的态度都是不信任与提防的
所以，独留写轮眼这一种压制尾兽的办法对木叶高层而言必然是行不通的，柱间细胞木遁的研究必然要进行。
而最适合作为实验对象的，极有可能就是千手柱间的同族们，因为同族的在血缘性上可能更加亲和柱间细胞，同源之下更有可能觉醒。
所以我推测，千手一族的大多优秀壮年，有一大部分都身先士卒死在了这个实验之中
除此之外，就是战争。
三代火影上任期间，忍界发生了第二次忍界大战与第三次忍界大战，并在此时，包括初代火影千手柱间的孙子孙女绳树和纲手，都加入了战场，其中绳树不幸阵亡（年仅12岁）
另外，我看见有网友说千手一族放弃名声，直接融入平民。
且不说漫画里压根没提过，我们用最简单思维动动脑子，作为压制宇智波的最为一个大的家族，家族里怎么样也得有个千八百人吧。
假设，这千八百人都和外族乃至平民联姻，那他们的姓氏不可能这么快就消失。
从木叶建成到三代在木叶48年那会，顶了天就六十年不到，哪怕按战国时期人均三十岁的数据来算，也就算两代至多三代人，总不可能千手一族到了和平时期两代人生的全是闺女吧？
更何况，如果那么多千手一族的血脉还有延续，那他们家的声名怎么一点都不见呢？
木叶60年，中忍考试时，那么多观众期待佐助，就是因为他姓宇智波，怎么连个提千手的都没有？
到了疾风传，千代婆婆讲述如何应对写轮眼，从侧面反映出各国对宇智波的重视；
而千手呢，很长一段时间，连提都没人提；
他们不要姓氏了啊！，连一族的历史和荣耀都不要了吗？